Difference between revisions of "Available Software"

From wiki
Jump to: navigation, search
Line 20: Line 20:
 
   
 
   
 
  ---------------------------- /usr/local/Modules/3.2.10/modulefiles ------------------------------------------------
 
  ---------------------------- /usr/local/Modules/3.2.10/modulefiles ------------------------------------------------
  abacas/1.3.1(default)                   capnproto/0.5.3                          gsl/2.1                             
+
  AdapterRemoval/gitv0_abe4a3e(default)       
  abyss/1.9.0                             cd-hit/gitv0_5acf038(default)           gubbins/gitv0_fe094b0               
+
  ArtificialFastqGenerator/1.0.0(default)       AsperaConnect/3.6.2                           BAPS/6.0                                     
  act/v1                                  CEGMA/2.5(default)                       gubbins/gitv1_8a12ae7(default)       
+
  BUSCO/1.22                                    BamQC/gitv0_480c091                          BayeScEnv/1.0                                
  AdapterRemoval/gitv0_abe4a3e(default)   crimap/2.504(default)                   gwas                                 
+
BayeScEnv/gitv0_beb60d2(default)             BayeScan/2.1(default)                        CAFE/3.1                                     
angsd/gitv0_212d58                      CRISP/2                                  harvest-tools/gitv0_ebf7ecc         
+
  CEGMA/2.5(default)                           CRISP/2                                      CRISP/5                                     
  angsd/gitv1_89d8fa9(default)             CRISP/5(default)                        hdf5/1.8.15-patch1(default)          
+
  CRISP/gitv0_7bfcd34(default)                 EIGENSOFT/6.0.1(default)                     EMBOSS/6.6.0(default)                       
arlequin/3.5.2(default)                 cufflinks/2.2.1(default)                 hdf5/1.8.16                         
+
  FASTQC/0.11.5(default)                       FastML/3.1                                    FastML/gitv0_bb5d761                         
  artemis/16.0.0(default)                 dDocent/gitv0_7dea314                    hmmer/2.3.2                         
+
FastTree/2.1.8(default)                       GapFiller/v1-10                              GeneMark_ES/3.48(default)                    
ArtificialFastqGenerator/1.0.0(default) diamond/gitv0_39f2a71                    hmmer/3.1b1                         
+
HTSlib/1.3                                    HTSlib/1.3.1(default)                         HTSlib/gitv1_0de7fe5                         
  AsperaConnect/3.6.2                     dot                                      hmmer/3.1b2(default)                 
+
  MCR/v713                                      MUMmer/3.23                                  MUMmer/3.23b(default)                        
  assembly-stats/gitv0_003a372            ea-utils/gitv0_88c9ad5                  HTSlib/1.3                           
+
Mash/gitv0_2edc42                            Mash/v1.1.1(default)                         Mauve/2015-02-13                             
augustus/3.0.3                          EIGENSOFT/6.0.1(default)                HTSlib/1.3.1(default)                
+
  NGSToolsApp/2.1.5(default)                    OpenBLAS/0.2.14                              OpenBLAS/0.2.18                             
  augustus/3.2.2(default)                 EMBOSS/6.6.0(default)                    HTSlib/gitv1_0de7fe5                 
+
  OpenBLAS/0.2.19(default)                      OrthoFinder/0.6.0                             PAGIT/1(default)                            
BamQC/gitv0_480c091                      ensembl/gitv0_bb48912(default)          interproscan/5.4-47.0(default)      
+
  PEAR/gitv0_a37a84b(default)                   PEAT/gitv0_27981d7(default)                  PGAP/1.2.1                                   
  bamtools/gitv0_02c2be8(default)          ensembl-git-tools/gitv0_68ac669(default) kallisto/git0_f0678a2               
+
PGDSpider/2.0.8.2(default)                    Prodigal/gitv0_004218f                        R/3.2.1(default)                            
  BayeScan/2.1(default)                   exonerate/2.2.0(default)                lamarc/2.1.10(default)              
+
  R/3.2.3                                      R/3.3.1                                      RAxML/gitv0_4692545(default)                
  BayeScEnv/1.0                           FastML/3.1                              lpsolve/5.5.2.3                      
+
  RSEM/1.2.25(default)                         RSEM/1.2.27                                  SPAdes/3.9.0(default)                        
BayeScEnv/gitv0_beb60d2(default)         FastML/gitv0_bb5d761                    mafft/7.147(default)                
+
  SSPACE/3.0                                   STAR/2.4.2a(default)                          T-COFFEE/11.00.8                             
bcftools/gitv0_47e811c                  FASTQC/0.11.5(default)                   maker/2.31.8(default)               
+
VarScan/2.3.7(default)                       VelvetOptimiser/2.2.5(default)               abacas/1.3.1(default)                        
  bedtools/2.25.0(default)                 fastsimcoal2/2.5.2.21                    Mash/gitv0_2edc42                   
+
  abyss/1.9.0                                   act/v1                                        allpathslg/52488                             
  bioawk/gitv0_5e8b41d(default)           fastsimcoal2/2.5.2.8(default)            masurca/2.3.2(default)               
+
angsd/gitv0_212d58                            angsd/gitv1_89d8fa9(default)                 arlequin/3.5.2(default)                     
  blastall/2.2.26(default)                 fastSTRUCTURE/1.0                       Mauve/2015-02-13                     
+
  artemis/16.0.0(default)                       assembly-stats/gitv0_003a372                  augustus/3.0.3                              
  blastScripts/1.0.0(default)             fastSTRUCTURE/190315(default)            mcl/14-137(default)                  
+
  augustus/3.2.2(default)                       bamtools/gitv0_02c2be8(default)              bcftools/gitv0_47e811c                        
  blastScripts/1.0.1                       FastTree/2.1.8(default)                  mdb/0.6(default)                       
+
  bedtools/2.23.0                              bedtools/2.25.0(default)                     bioawk/gitv0_5e8b41d(default)                
  blat/35                                 freebayes/gitv0_dbb6160                  merlin/1.1.2(default)                
+
  blastScripts/1.0.0(default)                  blastScripts/1.0.1                            blastall/2.2.26(default)                       
boost/1.60.0(default)                    GapFiller/v1-10                          module-info                         
+
  blat/35                                       boost/1.60.0(default)                         boost/1.61.0                                
  boost/1.61.0                             gatk/3.4.0                               modules                             
+
  bowtie/1.0.0                                 bowtie2/2.1.0(default)                        bowtie2/2.2.4                               
  bowtie/1.0.0                            gatk/3.5.0                              mpifast/gitrev2(default)            
+
  bwa/0.7.12(default)                           bwa/0.7.7                                    bzip2/1.0.6                                 
bowtie2/2.1.0(default)                  gatk/3.6.0(default)                     mrbayes/3.2.6                       
+
capnproto/0.5.3                              cd-hit/gitv0_5acf038(default)                 clustalx/2.1                                 
  bowtie2/2.2.4                            gcc/4.9.3                                MUMmer/3.23                         
+
  crimap/2.504(default)                        cufflinks/2.2.1(default)                      dDocent/gitv0_7dea314                       
  BUSCO/1.22                              geneid/1.4.4(default)                   MUMmer/3.23b(default)                
+
  diamond/gitv0_39f2a71                        dot                                          ea-utils/gitv0_88c9ad5                       
bwa/0.7.12(default)                      GeneMark_ES/3.48(default)               muscle/3.7                           
+
ensembl-git-tools/gitv0_68ac669(default)     ensembl/gitv0_bb48912(default)               exonerate/2.2.0(default)                       
  bwa/0.7.7                                general_script_tools/(default)           newick_utils/4.9.3                   
+
fastSTRUCTURE/1.0                            fastSTRUCTURE/190315(default)                 fastsimcoal2/2.5.2.21                       
  CAFE/3.1                                gsea/2.2.2(default)                     newick_utils/gitv0_614bf6c(default) 
+
  fastsimcoal2/2.5.2.8(default)                 freebayes/gitv0_dbb6160                      gatk/3.4.0                                   
   
+
  gatk/3.5.0                                    gatk/3.6.0(default)                           gcc/4.9.3                                   
ngs/gitv0_aef5f50                        python/2.7.12                            sra-tools/gitv0_814d6f7(default)
+
  geneid/1.4.4(default)                        general_script_tools/(default)               gnuparallel/20160422                         
  NGSToolsApp/2.1.5(default)               python/3.4                              srst2/gitv1_e30dd01(default)
+
  gsea/2.2.2(default)                           gsl/2.1                                      gubbins/gitv0_fe094b0                       
null                                    qtdt/2.6.1(default)                     srst2/gitv2_41b3f46
+
gubbins/gitv1_8a12ae7(default)               gwas                                          harvest-tools/gitv0_ebf7ecc                 
OpenBLAS/0.2.14                          quast/4.1                                SSPACE/3.0
+
hdf5/1.8.15-patch1(default)                   hdf5/1.8.16                                  hmmer/2.3.2                                 
  OpenBLAS/0.2.18                          R/3.2.1(default)                         stacks/1.35
+
  hmmer/3.1b1                                  hmmer/3.1b2(default)                         interproscan/5.4-47.0(default)               
  openmpi/1.10.2                          R/3.2.3                                 stacks/1.37
+
  kallisto/git0_f0678a2                        lamarc/2.1.10(default)                        lpsolve/5.5.2.3                              
  openmpi/1.6.5                            rainbow/2.0.4                            stacks/1.40(default)
+
  mafft/7.147(default)                          maker/2.31.8(default)                         masurca/2.3.2(default)                       
openmpi/2.0.0(default)                   rapsearch/gitv0_95c866e(default)         stacks/1.41
+
mcl/14-137(default)                           mdb/0.6(default)                             merlin/1.1.2(default)                       
  oraclejava/jdk1.8.0_74                  RAxML/gitv0_4692545(default)            stampy/1.0.23(default)
+
  module-info                                  modules                                      mpifast/gitrev2(default)                    
  OrthoFinder/0.6.0                        readseq/2.1.30(default)                 STAR/2.4.2a(default)
+
  mrbayes/3.2.6                                 muscle/3.7                                    newick_utils/4.9.3                           
  PAGIT/1(default)                        repeatmasker/4.0.5(default)              structure/2.3.4(default)
+
newick_utils/gitv0_614bf6c(default)           ngs/gitv0_aef5f50                            null                                         
  paml/4.7a(default)                      rmblastn/2.2.28(default)                 tabix/gitv0_1ae158a
+
  openmpi/1.10.2                                openmpi/1.6.5                                 openmpi/2.0.0(default)                      
  parsnp/gitv0_63bea13                    rnammer/1.2(default)                    tabtk/gitv0_741f3f0
+
  oraclejava/jdk1.8.0_74                        paml/4.7a(default)                           parsnp/gitv0_63bea13                         
pblat/1.6.0(default)                     roary/gitv0_c4d9b77(default)             tophat/2.0.10(default)
+
  pblat/1.6.0(default)                         perl/5.20.2(default)                         perl/5.24.0                                  
  PEAR/gitv0_a37a84b(default)             RSEM/1.2.25(default)                    treemix/gitv0_23c15a2(default)
+
  phylip/3.696(default)                         phyml/gitv0_0f6d745                          picard-tools/1.119                           
  PEAT/gitv0_27981d7(default)              RSEM/1.2.27                              trimmomatic/0.32
+
  picard-tools/2.1.0                            picard-tools/2.1.1                            picard-tools/2.7.1(default)                  
perl/5.20.2(default)                     samtools/0.1.18                          trinity/20140717
+
prank-msa/gitv0_3e44771(default)              prokka/1.11                                  prokka/gitv1_8f07048(default)               
  perl/5.24.0                              samtools/0.1.19(default)                 trinity/2.2.0(default)
+
  prosite/1.79.1                                protobuf/gitv0_0622030                        psmc/gitv0_e5f7df5(default)                  
  PGAP/1.2.1                               samtools/0.1.19b                        tRNAscan-SE/1.3.1(default)
+
pyrad/gitv0_704ffbf                          python/2.7(default)                           python/2.7.12                               
  PGDSpider/2.0.8.2(default)               samtools/1.2                            use.own
+
  python/3.4                                    qtdt/2.6.1(default)                          quast/4.1                                    
  phylip/3.696(default)                   scalaBLAST/2.0(default)                 VarScan/2.3.7(default)
+
  rainbow/2.0.4                                rapsearch/gitv0_95c866e(default)             readseq/2.1.30(default)                     
  picard-tools/1.119                      scipio/1.4.1(default)                   vcflib/gitv0_e3ab177
+
  repeatmasker/4.0.5(default)                   rmblastn/2.2.28(default)                     rnammer/1.2(default)                        
  picard-tools/2.1.0                      script_tools/1.0(default)                vcftools/0.1.12a
+
  roary/gitv0_c4d9b77(default)                  samtools/0.1.18                              samtools/0.1.19(default)                    
  picard-tools/2.1.1(default)             seqtk/gitv0_1a8319b(default)             vcftools/gitv0_4fce995(default)
+
  samtools/0.1.19b                              samtools/1.2                                  samtools/1.3.1                              
  prank-msa/gitv0_3e44771(default)         sickle/gitv0_f3d6ae3(default)           vdb/gitv0_f1497a1
+
  scalaBLAST/2.0(default)                       scipio/1.4.1(default)                         script_tools/1.0(default)                    
Prodigal/gitv0_004218f                  signalp/4.1(default)                     velvet/1.2.10(default)
+
  seqtk/gitv0_1a8319b(default)                 sickle/gitv0_f3d6ae3(default)                 signalp/4.1(default)                        
prokka/1.11                              smalt/0.7.6(default)                     velvet/gitv0_9adf09f
+
smalt/0.7.6(default)                         snap_alignment/1.0beta.17(default)           snap_hmm/11_29_2013(default)                 
  prokka/gitv1_8f07048(default)           snap_alignment/1.0beta.17(default)      VelvetOptimiser/2.2.5(default)
+
  snape-pooled/31(default)                     snippy/gitv0_848a62e                          snpcallphylo/0.7                             
  prosite/1.79.1                          snape-pooled/31(default)                 vsearch/gitv0_174f810(default)
+
  sparsehash/gitv0_4cb9240                      sra-tools/gitv0_814d6f7(default)             srst2/gitv1_e30dd01(default)                
  protobuf/gitv0_0622030                  snap_hmm/11_29_2013(default)            wise/2.4.1(default)
+
  srst2/gitv2_41b3f46                          stacks/1.35                                  stacks/1.37                                 
  psmc/gitv0_e5f7df5(default)             snippy/gitv0_848a62e                    zlib/1.2.8
+
  stacks/1.40(default)                         stacks/1.41                                  stampy/1.0.23(default)                       
pyrad/gitv0_704ffbf                      snpcallphylo/0.7
+
  structure/2.3.4(default)                      tRNAscan-SE/1.3.1(default)                   tabix/gitv0_1ae158a                         
  python/2.7(default)                      SPAdes/3.9.0(default)
+
  tabtk/gitv0_741f3f0                          tophat/2.0.10(default)                        treemix/gitv0_23c15a2(default)               
  python/2.7.11                            sparsehash/gitv0_4cb9240
+
trimmomatic/0.32                              trinity/2.2.0(default)                        trinity/20140717                             
 +
use.own                                      vcflib/gitv0_e3ab177                          vcftools/0.1.11                             
 +
vcftools/0.1.12a                              vcftools/gitv0_4fce995(default)              vdb/gitv0_f1497a1                           
 +
velvet/1.2.10(default)                        velvet/gitv0_9adf09f                          vsearch/gitv0_174f810(default)

Revision as of 13:04, 7 December 2016

Introduction

The cluster uses the widely used Environment Modules system to manage the wide range of software available for Bioinformatics. It attempts to take care of the necessary environment for running the software, all its dependencies and their versions and some of its documentation.

To see all the availabel software, the command to type is:

module available

A short cut for this is:

module av

Categorised Listing

Sw2.png

Raw Listing 01 Sep 2016

--------------------------------- /usr/local/Modules/versions -----------------------------------------------------
3.2.10

---------------------------- /usr/local/Modules/3.2.10/modulefiles ------------------------------------------------
 AdapterRemoval/gitv0_abe4a3e(default)         
ArtificialFastqGenerator/1.0.0(default)       AsperaConnect/3.6.2                           BAPS/6.0                                      
BUSCO/1.22                                    BamQC/gitv0_480c091                           BayeScEnv/1.0                                 
BayeScEnv/gitv0_beb60d2(default)              BayeScan/2.1(default)                         CAFE/3.1                                      
CEGMA/2.5(default)                            CRISP/2                                       CRISP/5                                       
CRISP/gitv0_7bfcd34(default)                  EIGENSOFT/6.0.1(default)                      EMBOSS/6.6.0(default)                         
FASTQC/0.11.5(default)                        FastML/3.1                                    FastML/gitv0_bb5d761                          
FastTree/2.1.8(default)                       GapFiller/v1-10                               GeneMark_ES/3.48(default)                     
HTSlib/1.3                                    HTSlib/1.3.1(default)                         HTSlib/gitv1_0de7fe5                          
MCR/v713                                      MUMmer/3.23                                   MUMmer/3.23b(default)                         
Mash/gitv0_2edc42                             Mash/v1.1.1(default)                          Mauve/2015-02-13                              
NGSToolsApp/2.1.5(default)                    OpenBLAS/0.2.14                               OpenBLAS/0.2.18                               
OpenBLAS/0.2.19(default)                      OrthoFinder/0.6.0                             PAGIT/1(default)                              
PEAR/gitv0_a37a84b(default)                   PEAT/gitv0_27981d7(default)                   PGAP/1.2.1                                    
PGDSpider/2.0.8.2(default)                    Prodigal/gitv0_004218f                        R/3.2.1(default)                              
R/3.2.3                                       R/3.3.1                                       RAxML/gitv0_4692545(default)                  
RSEM/1.2.25(default)                          RSEM/1.2.27                                   SPAdes/3.9.0(default)                         
SSPACE/3.0                                    STAR/2.4.2a(default)                          T-COFFEE/11.00.8                              
VarScan/2.3.7(default)                        VelvetOptimiser/2.2.5(default)                abacas/1.3.1(default)                         
abyss/1.9.0                                   act/v1                                        allpathslg/52488                              
angsd/gitv0_212d58                            angsd/gitv1_89d8fa9(default)                  arlequin/3.5.2(default)                       
artemis/16.0.0(default)                       assembly-stats/gitv0_003a372                  augustus/3.0.3                                
augustus/3.2.2(default)                       bamtools/gitv0_02c2be8(default)               bcftools/gitv0_47e811c                        
bedtools/2.23.0                               bedtools/2.25.0(default)                      bioawk/gitv0_5e8b41d(default)                 
blastScripts/1.0.0(default)                   blastScripts/1.0.1                            blastall/2.2.26(default)                      
blat/35                                       boost/1.60.0(default)                         boost/1.61.0                                  
bowtie/1.0.0                                  bowtie2/2.1.0(default)                        bowtie2/2.2.4                                 
bwa/0.7.12(default)                           bwa/0.7.7                                     bzip2/1.0.6                                   
capnproto/0.5.3                               cd-hit/gitv0_5acf038(default)                 clustalx/2.1                                  
crimap/2.504(default)                         cufflinks/2.2.1(default)                      dDocent/gitv0_7dea314                         
diamond/gitv0_39f2a71                         dot                                           ea-utils/gitv0_88c9ad5                        
ensembl-git-tools/gitv0_68ac669(default)      ensembl/gitv0_bb48912(default)                exonerate/2.2.0(default)                      
fastSTRUCTURE/1.0                             fastSTRUCTURE/190315(default)                 fastsimcoal2/2.5.2.21                         
fastsimcoal2/2.5.2.8(default)                 freebayes/gitv0_dbb6160                       gatk/3.4.0                                    
gatk/3.5.0                                    gatk/3.6.0(default)                           gcc/4.9.3                                     
geneid/1.4.4(default)                         general_script_tools/(default)                gnuparallel/20160422                          
gsea/2.2.2(default)                           gsl/2.1                                       gubbins/gitv0_fe094b0                         
gubbins/gitv1_8a12ae7(default)                gwas                                          harvest-tools/gitv0_ebf7ecc                   
hdf5/1.8.15-patch1(default)                   hdf5/1.8.16                                   hmmer/2.3.2                                   
hmmer/3.1b1                                   hmmer/3.1b2(default)                          interproscan/5.4-47.0(default)                
kallisto/git0_f0678a2                         lamarc/2.1.10(default)                        lpsolve/5.5.2.3                               
mafft/7.147(default)                          maker/2.31.8(default)                         masurca/2.3.2(default)                        
mcl/14-137(default)                           mdb/0.6(default)                              merlin/1.1.2(default)                         
module-info                                   modules                                       mpifast/gitrev2(default)                      
mrbayes/3.2.6                                 muscle/3.7                                    newick_utils/4.9.3                            
newick_utils/gitv0_614bf6c(default)           ngs/gitv0_aef5f50                             null                                          
openmpi/1.10.2                                openmpi/1.6.5                                 openmpi/2.0.0(default)                        
oraclejava/jdk1.8.0_74                        paml/4.7a(default)                            parsnp/gitv0_63bea13                          
pblat/1.6.0(default)                          perl/5.20.2(default)                          perl/5.24.0                                   
phylip/3.696(default)                         phyml/gitv0_0f6d745                           picard-tools/1.119                            
picard-tools/2.1.0                            picard-tools/2.1.1                            picard-tools/2.7.1(default)                   
prank-msa/gitv0_3e44771(default)              prokka/1.11                                   prokka/gitv1_8f07048(default)                 
prosite/1.79.1                                protobuf/gitv0_0622030                        psmc/gitv0_e5f7df5(default)                   
pyrad/gitv0_704ffbf                           python/2.7(default)                           python/2.7.12                                 
python/3.4                                    qtdt/2.6.1(default)                           quast/4.1                                     
rainbow/2.0.4                                 rapsearch/gitv0_95c866e(default)              readseq/2.1.30(default)                       
repeatmasker/4.0.5(default)                   rmblastn/2.2.28(default)                      rnammer/1.2(default)                          
roary/gitv0_c4d9b77(default)                  samtools/0.1.18                               samtools/0.1.19(default)                      
samtools/0.1.19b                              samtools/1.2                                  samtools/1.3.1                                
scalaBLAST/2.0(default)                       scipio/1.4.1(default)                         script_tools/1.0(default)                     
seqtk/gitv0_1a8319b(default)                  sickle/gitv0_f3d6ae3(default)                 signalp/4.1(default)                          
smalt/0.7.6(default)                          snap_alignment/1.0beta.17(default)            snap_hmm/11_29_2013(default)                  
snape-pooled/31(default)                      snippy/gitv0_848a62e                          snpcallphylo/0.7                              
sparsehash/gitv0_4cb9240                      sra-tools/gitv0_814d6f7(default)              srst2/gitv1_e30dd01(default)                  
srst2/gitv2_41b3f46                           stacks/1.35                                   stacks/1.37                                   
stacks/1.40(default)                          stacks/1.41                                   stampy/1.0.23(default)                        
structure/2.3.4(default)                      tRNAscan-SE/1.3.1(default)                    tabix/gitv0_1ae158a                           
tabtk/gitv0_741f3f0                           tophat/2.0.10(default)                        treemix/gitv0_23c15a2(default)                
trimmomatic/0.32                              trinity/2.2.0(default)                        trinity/20140717                              
use.own                                       vcflib/gitv0_e3ab177                          vcftools/0.1.11                               
vcftools/0.1.12a                              vcftools/gitv0_4fce995(default)               vdb/gitv0_f1497a1                             
velvet/1.2.10(default)                        velvet/gitv0_9adf09f                          vsearch/gitv0_174f810(default)