Difference between revisions of "Available Software"

From wiki
Jump to: navigation, search
(Created page with "= Introduction = The cluster uses the widely used Environment Modules system to manage the wide range of software available for Bioinformatics. It attempts to take care of th...")
 
Line 14: Line 14:
  
 
= Raw Listing 01 Sep 2016 =
 
= Raw Listing 01 Sep 2016 =
  ------------------------------------------------------------------------------------------------------------- /usr/local/Modules/versions --------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
  --------------------------------- /usr/local/Modules/versions -----------------------------------------------------
 
  3.2.10
 
  3.2.10
 
   
 
   
  -------------------------------------------------------------------------------------------------------- /usr/local/Modules/3.2.10/modulefiles ---------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
  ---------------------------- /usr/local/Modules/3.2.10/modulefiles ------------------------------------------------
  abacas/1.3.1(default)                    capnproto/0.5.3                          gsl/2.1                                  ngs/gitv0_aef5f50                        python/2.7.12                            sra-tools/gitv0_814d6f7(default)
+
abacas/1.3.1(default)                    capnproto/0.5.3                          gsl/2.1                             
  abyss/1.9.0                              cd-hit/gitv0_5acf038(default)           gubbins/gitv0_fe094b0                    NGSToolsApp/2.1.5(default)              python/3.4                              srst2/gitv1_e30dd01(default)
+
abyss/1.9.0                              cd-hit/gitv0_5acf038(default)            gubbins/gitv0_fe094b0               
  act/v1                                  CEGMA/2.5(default)                       gubbins/gitv1_8a12ae7(default)          null                                    qtdt/2.6.1(default)                     srst2/gitv2_41b3f46
+
act/v1                                  CEGMA/2.5(default)                      gubbins/gitv1_8a12ae7(default)       
  AdapterRemoval/gitv0_abe4a3e(default)   crimap/2.504(default)                   gwas                                    OpenBLAS/0.2.14                          quast/4.1                                SSPACE/3.0
+
AdapterRemoval/gitv0_abe4a3e(default)    crimap/2.504(default)                    gwas                                 
  angsd/gitv0_212d58                      CRISP/2                                 harvest-tools/gitv0_ebf7ecc              OpenBLAS/0.2.18                          R/3.2.1(default)                         stacks/1.35
+
angsd/gitv0_212d58                      CRISP/2                                  harvest-tools/gitv0_ebf7ecc         
angsd/gitv1_89d8fa9(default)            CRISP/5(default)                         hdf5/1.8.15-patch1(default)             openmpi/1.10.2                          R/3.2.3                                  stacks/1.37
+
angsd/gitv1_89d8fa9(default)            CRISP/5(default)                        hdf5/1.8.15-patch1(default)         
arlequin/3.5.2(default)                 cufflinks/2.2.1(default)                hdf5/1.8.16                              openmpi/1.6.5                            rainbow/2.0.4                            stacks/1.40(default)
+
arlequin/3.5.2(default)                  cufflinks/2.2.1(default)                hdf5/1.8.16                         
  artemis/16.0.0(default)                 dDocent/gitv0_7dea314                    hmmer/2.3.2                              openmpi/2.0.0(default)                   rapsearch/gitv0_95c866e(default)         stacks/1.41
+
  artemis/16.0.0(default)                 dDocent/gitv0_7dea314                   hmmer/2.3.2                         
  ArtificialFastqGenerator/1.0.0(default) diamond/gitv0_39f2a71                    hmmer/3.1b1                              oraclejava/jdk1.8.0_74                  RAxML/gitv0_4692545(default)             stampy/1.0.23(default)
+
ArtificialFastqGenerator/1.0.0(default) diamond/gitv0_39f2a71                    hmmer/3.1b1                         
  AsperaConnect/3.6.2                      dot                                      hmmer/3.1b2(default)                     OrthoFinder/0.6.0                       readseq/2.1.30(default)                  STAR/2.4.2a(default)
+
  AsperaConnect/3.6.2                      dot                                      hmmer/3.1b2(default)                
assembly-stats/gitv0_003a372            ea-utils/gitv0_88c9ad5                  HTSlib/1.3                               PAGIT/1(default)                         repeatmasker/4.0.5(default)             structure/2.3.4(default)
+
assembly-stats/gitv0_003a372            ea-utils/gitv0_88c9ad5                  HTSlib/1.3                           
augustus/3.0.3                          EIGENSOFT/6.0.1(default)                HTSlib/1.3.1(default)                    paml/4.7a(default)                       rmblastn/2.2.28(default)                tabix/gitv0_1ae158a
+
augustus/3.0.3                          EIGENSOFT/6.0.1(default)                HTSlib/1.3.1(default)                
  augustus/3.2.2(default)                 EMBOSS/6.6.0(default)                   HTSlib/gitv1_0de7fe5                    parsnp/gitv0_63bea13                    rnammer/1.2(default)                    tabtk/gitv0_741f3f0
+
  augustus/3.2.2(default)                 EMBOSS/6.6.0(default)                   HTSlib/gitv1_0de7fe5                 
BamQC/gitv0_480c091                      ensembl/gitv0_bb48912(default)          interproscan/5.4-47.0(default)          pblat/1.6.0(default)                     roary/gitv0_c4d9b77(default)             tophat/2.0.10(default)
+
  BamQC/gitv0_480c091                      ensembl/gitv0_bb48912(default)           interproscan/5.4-47.0(default)      
  bamtools/gitv0_02c2be8(default)         ensembl-git-tools/gitv0_68ac669(default) kallisto/git0_f0678a2                    PEAR/gitv0_a37a84b(default)              RSEM/1.2.25(default)                     treemix/gitv0_23c15a2(default)
+
bamtools/gitv0_02c2be8(default)          ensembl-git-tools/gitv0_68ac669(default) kallisto/git0_f0678a2               
  BayeScan/2.1(default)                    exonerate/2.2.0(default)                 lamarc/2.1.10(default)                   PEAT/gitv0_27981d7(default)              RSEM/1.2.27                              trimmomatic/0.32
+
  BayeScan/2.1(default)                    exonerate/2.2.0(default)                lamarc/2.1.10(default)              
  BayeScEnv/1.0                            FastML/3.1                              lpsolve/5.5.2.3                          perl/5.20.2(default)                    samtools/0.1.18                          trinity/20140717
+
BayeScEnv/1.0                            FastML/3.1                              lpsolve/5.5.2.3                     
  BayeScEnv/gitv0_beb60d2(default)        FastML/gitv0_bb5d761                    mafft/7.147(default)                    perl/5.24.0                              samtools/0.1.19(default)                trinity/2.2.0(default)
+
BayeScEnv/gitv0_beb60d2(default)         FastML/gitv0_bb5d761                    mafft/7.147(default)                
  bcftools/gitv0_47e811c                  FASTQC/0.11.5(default)                  maker/2.31.8(default)                    PGAP/1.2.1                              samtools/0.1.19b                        tRNAscan-SE/1.3.1(default)
+
bcftools/gitv0_47e811c                  FASTQC/0.11.5(default)                  maker/2.31.8(default)                
  bedtools/2.25.0(default)                fastsimcoal2/2.5.2.21                    Mash/gitv0_2edc42                        PGDSpider/2.0.8.2(default)              samtools/1.2                            use.own
+
bedtools/2.25.0(default)                fastsimcoal2/2.5.2.21                    Mash/gitv0_2edc42                   
  bioawk/gitv0_5e8b41d(default)            fastsimcoal2/2.5.2.8(default)            masurca/2.3.2(default)                  phylip/3.696(default)                    scalaBLAST/2.0(default)                  VarScan/2.3.7(default)
+
bioawk/gitv0_5e8b41d(default)            fastsimcoal2/2.5.2.8(default)            masurca/2.3.2(default)              
  blastall/2.2.26(default)                fastSTRUCTURE/1.0                        Mauve/2015-02-13                        picard-tools/1.119                      scipio/1.4.1(default)                    vcflib/gitv0_e3ab177
+
  blastall/2.2.26(default)                 fastSTRUCTURE/1.0                        Mauve/2015-02-13                     
  blastScripts/1.0.0(default)              fastSTRUCTURE/190315(default)            mcl/14-137(default)                      picard-tools/2.1.0                      script_tools/1.0(default)                vcftools/0.1.12a
+
blastScripts/1.0.0(default)             fastSTRUCTURE/190315(default)           mcl/14-137(default)                 
  blastScripts/1.0.1                      FastTree/2.1.8(default)                  mdb/0.6(default)                        picard-tools/2.1.1(default)              seqtk/gitv0_1a8319b(default)            vcftools/gitv0_4fce995(default)
+
  blastScripts/1.0.1                      FastTree/2.1.8(default)                 mdb/0.6(default)                    
  blat/35                                  freebayes/gitv0_dbb6160                  merlin/1.1.2(default)                    prank-msa/gitv0_3e44771(default)        sickle/gitv0_f3d6ae3(default)            vdb/gitv0_f1497a1
+
blat/35                                  freebayes/gitv0_dbb6160                  merlin/1.1.2(default)                
  boost/1.60.0(default)                    GapFiller/v1-10                          module-info                              Prodigal/gitv0_004218f                  signalp/4.1(default)                    velvet/1.2.10(default)
+
  boost/1.60.0(default)                   GapFiller/v1-10                          module-info                         
  boost/1.61.0                            gatk/3.4.0                              modules                                  prokka/1.11                              smalt/0.7.6(default)                    velvet/gitv0_9adf09f
+
boost/1.61.0                             gatk/3.4.0                              modules                             
  bowtie/1.0.0                            gatk/3.5.0                              mpifast/gitrev2(default)                prokka/gitv1_8f07048(default)            snap_alignment/1.0beta.17(default)      VelvetOptimiser/2.2.5(default)
+
bowtie/1.0.0                            gatk/3.5.0                               mpifast/gitrev2(default)            
  bowtie2/2.1.0(default)                  gatk/3.6.0(default)                      mrbayes/3.2.6                            prosite/1.79.1                          snape-pooled/31(default)                vsearch/gitv0_174f810(default)
+
bowtie2/2.1.0(default)                   gatk/3.6.0(default)                     mrbayes/3.2.6                       
  bowtie2/2.2.4                            gcc/4.9.3                                MUMmer/3.23                              protobuf/gitv0_0622030                  snap_hmm/11_29_2013(default)            wise/2.4.1(default)
+
bowtie2/2.2.4                            gcc/4.9.3                                MUMmer/3.23                         
  BUSCO/1.22                              geneid/1.4.4(default)                    MUMmer/3.23b(default)                    psmc/gitv0_e5f7df5(default)              snippy/gitv0_848a62e                    zlib/1.2.8
+
BUSCO/1.22                              geneid/1.4.4(default)                   MUMmer/3.23b(default)                 
  bwa/0.7.12(default)                      GeneMark_ES/3.48(default)                muscle/3.7                              pyrad/gitv0_704ffbf                      snpcallphylo/0.7
+
  bwa/0.7.12(default)                     GeneMark_ES/3.48(default)               muscle/3.7                           
  bwa/0.7.7                                general_script_tools/(default)          newick_utils/4.9.3                      python/2.7(default)                      SPAdes/3.9.0(default)
+
bwa/0.7.7                                general_script_tools/(default)          newick_utils/4.9.3                   
  CAFE/3.1                                gsea/2.2.2(default)                      newick_utils/gitv0_614bf6c(default)      python/2.7.11                            sparsehash/gitv0_4cb9240
+
CAFE/3.1                                 gsea/2.2.2(default)                     newick_utils/gitv0_614bf6c(default)  
 +
 
 +
ngs/gitv0_aef5f50                        python/2.7.12                            sra-tools/gitv0_814d6f7(default)
 +
  NGSToolsApp/2.1.5(default)               python/3.4                              srst2/gitv1_e30dd01(default)
 +
null                                    qtdt/2.6.1(default)                     srst2/gitv2_41b3f46
 +
  OpenBLAS/0.2.14                          quast/4.1                               SSPACE/3.0
 +
OpenBLAS/0.2.18                          R/3.2.1(default)                         stacks/1.35
 +
openmpi/1.10.2                          R/3.2.3                                  stacks/1.37
 +
openmpi/1.6.5                            rainbow/2.0.4                            stacks/1.40(default)
 +
openmpi/2.0.0(default)                  rapsearch/gitv0_95c866e(default)        stacks/1.41
 +
oraclejava/jdk1.8.0_74                  RAxML/gitv0_4692545(default)            stampy/1.0.23(default)
 +
OrthoFinder/0.6.0                        readseq/2.1.30(default)                  STAR/2.4.2a(default)
 +
PAGIT/1(default)                        repeatmasker/4.0.5(default)              structure/2.3.4(default)
 +
paml/4.7a(default)                      rmblastn/2.2.28(default)                tabix/gitv0_1ae158a
 +
parsnp/gitv0_63bea13                    rnammer/1.2(default)                    tabtk/gitv0_741f3f0
 +
pblat/1.6.0(default)                    roary/gitv0_c4d9b77(default)            tophat/2.0.10(default)
 +
PEAR/gitv0_a37a84b(default)              RSEM/1.2.25(default)                    treemix/gitv0_23c15a2(default)
 +
PEAT/gitv0_27981d7(default)              RSEM/1.2.27                              trimmomatic/0.32
 +
  perl/5.20.2(default)                    samtools/0.1.18                          trinity/20140717
 +
  perl/5.24.0                              samtools/0.1.19(default)                trinity/2.2.0(default)
 +
  PGAP/1.2.1                              samtools/0.1.19b                        tRNAscan-SE/1.3.1(default)
 +
  PGDSpider/2.0.8.2(default)              samtools/1.2                            use.own
 +
  phylip/3.696(default)                    scalaBLAST/2.0(default)                  VarScan/2.3.7(default)
 +
  picard-tools/1.119                      scipio/1.4.1(default)                    vcflib/gitv0_e3ab177
 +
  picard-tools/2.1.0                      script_tools/1.0(default)                vcftools/0.1.12a
 +
  picard-tools/2.1.1(default)              seqtk/gitv0_1a8319b(default)            vcftools/gitv0_4fce995(default)
 +
  prank-msa/gitv0_3e44771(default)        sickle/gitv0_f3d6ae3(default)            vdb/gitv0_f1497a1
 +
  Prodigal/gitv0_004218f                  signalp/4.1(default)                    velvet/1.2.10(default)
 +
  prokka/1.11                              smalt/0.7.6(default)                    velvet/gitv0_9adf09f
 +
  prokka/gitv1_8f07048(default)            snap_alignment/1.0beta.17(default)      VelvetOptimiser/2.2.5(default)
 +
  prosite/1.79.1                          snape-pooled/31(default)                vsearch/gitv0_174f810(default)
 +
  protobuf/gitv0_0622030                  snap_hmm/11_29_2013(default)            wise/2.4.1(default)
 +
  psmc/gitv0_e5f7df5(default)              snippy/gitv0_848a62e                    zlib/1.2.8
 +
  pyrad/gitv0_704ffbf                      snpcallphylo/0.7
 +
  python/2.7(default)                      SPAdes/3.9.0(default)
 +
  python/2.7.11                            sparsehash/gitv0_4cb9240

Revision as of 14:20, 1 September 2016

Introduction

The cluster uses the widely used Environment Modules system to manage the wide range of software available for Bioinformatics. It attempts to take care of the necessary environment for running the software, all its dependencies and their versions and some of its documentation.

To see all the availabel software, the command to type is:

module available

A short cut for this is:

module av

Categorised Listing

Raw Listing 01 Sep 2016

--------------------------------- /usr/local/Modules/versions -----------------------------------------------------
3.2.10

---------------------------- /usr/local/Modules/3.2.10/modulefiles ------------------------------------------------
abacas/1.3.1(default)                    capnproto/0.5.3                          gsl/2.1                               
abyss/1.9.0                              cd-hit/gitv0_5acf038(default)            gubbins/gitv0_fe094b0                 
act/v1                                   CEGMA/2.5(default)                       gubbins/gitv1_8a12ae7(default)        
AdapterRemoval/gitv0_abe4a3e(default)    crimap/2.504(default)                    gwas                                  
angsd/gitv0_212d58                       CRISP/2                                  harvest-tools/gitv0_ebf7ecc           
angsd/gitv1_89d8fa9(default)             CRISP/5(default)                         hdf5/1.8.15-patch1(default)           
arlequin/3.5.2(default)                  cufflinks/2.2.1(default)                 hdf5/1.8.16                           
artemis/16.0.0(default)                  dDocent/gitv0_7dea314                    hmmer/2.3.2                           
ArtificialFastqGenerator/1.0.0(default)  diamond/gitv0_39f2a71                    hmmer/3.1b1                           
AsperaConnect/3.6.2                      dot                                      hmmer/3.1b2(default)                  
assembly-stats/gitv0_003a372             ea-utils/gitv0_88c9ad5                   HTSlib/1.3                            
augustus/3.0.3                           EIGENSOFT/6.0.1(default)                 HTSlib/1.3.1(default)                 
augustus/3.2.2(default)                  EMBOSS/6.6.0(default)                    HTSlib/gitv1_0de7fe5                  
BamQC/gitv0_480c091                      ensembl/gitv0_bb48912(default)           interproscan/5.4-47.0(default)        
bamtools/gitv0_02c2be8(default)          ensembl-git-tools/gitv0_68ac669(default) kallisto/git0_f0678a2                 
BayeScan/2.1(default)                    exonerate/2.2.0(default)                 lamarc/2.1.10(default)                
BayeScEnv/1.0                            FastML/3.1                               lpsolve/5.5.2.3                       
BayeScEnv/gitv0_beb60d2(default)         FastML/gitv0_bb5d761                     mafft/7.147(default)                  
bcftools/gitv0_47e811c                   FASTQC/0.11.5(default)                   maker/2.31.8(default)                 
bedtools/2.25.0(default)                 fastsimcoal2/2.5.2.21                    Mash/gitv0_2edc42                     
bioawk/gitv0_5e8b41d(default)            fastsimcoal2/2.5.2.8(default)            masurca/2.3.2(default)                
blastall/2.2.26(default)                 fastSTRUCTURE/1.0                        Mauve/2015-02-13                      
blastScripts/1.0.0(default)              fastSTRUCTURE/190315(default)            mcl/14-137(default)                   
blastScripts/1.0.1                       FastTree/2.1.8(default)                  mdb/0.6(default)                      
blat/35                                  freebayes/gitv0_dbb6160                  merlin/1.1.2(default)                 
boost/1.60.0(default)                    GapFiller/v1-10                          module-info                           
boost/1.61.0                             gatk/3.4.0                               modules                               
bowtie/1.0.0                             gatk/3.5.0                               mpifast/gitrev2(default)              
bowtie2/2.1.0(default)                   gatk/3.6.0(default)                      mrbayes/3.2.6                         
bowtie2/2.2.4                            gcc/4.9.3                                MUMmer/3.23                           
BUSCO/1.22                               geneid/1.4.4(default)                    MUMmer/3.23b(default)                 
bwa/0.7.12(default)                      GeneMark_ES/3.48(default)                muscle/3.7                            
bwa/0.7.7                                general_script_tools/(default)           newick_utils/4.9.3                    
CAFE/3.1                                 gsea/2.2.2(default)                      newick_utils/gitv0_614bf6c(default)   
ngs/gitv0_aef5f50                        python/2.7.12                            sra-tools/gitv0_814d6f7(default)
NGSToolsApp/2.1.5(default)               python/3.4                               srst2/gitv1_e30dd01(default)
null                                     qtdt/2.6.1(default)                      srst2/gitv2_41b3f46
OpenBLAS/0.2.14                          quast/4.1                                SSPACE/3.0
OpenBLAS/0.2.18                          R/3.2.1(default)                         stacks/1.35
openmpi/1.10.2                           R/3.2.3                                  stacks/1.37
openmpi/1.6.5                            rainbow/2.0.4                            stacks/1.40(default)
openmpi/2.0.0(default)                   rapsearch/gitv0_95c866e(default)         stacks/1.41
oraclejava/jdk1.8.0_74                   RAxML/gitv0_4692545(default)             stampy/1.0.23(default)
OrthoFinder/0.6.0                        readseq/2.1.30(default)                  STAR/2.4.2a(default)
PAGIT/1(default)                         repeatmasker/4.0.5(default)              structure/2.3.4(default)
paml/4.7a(default)                       rmblastn/2.2.28(default)                 tabix/gitv0_1ae158a
parsnp/gitv0_63bea13                     rnammer/1.2(default)                     tabtk/gitv0_741f3f0
pblat/1.6.0(default)                     roary/gitv0_c4d9b77(default)             tophat/2.0.10(default)
PEAR/gitv0_a37a84b(default)              RSEM/1.2.25(default)                     treemix/gitv0_23c15a2(default)
PEAT/gitv0_27981d7(default)              RSEM/1.2.27                              trimmomatic/0.32
perl/5.20.2(default)                     samtools/0.1.18                          trinity/20140717
perl/5.24.0                              samtools/0.1.19(default)                 trinity/2.2.0(default)
PGAP/1.2.1                               samtools/0.1.19b                         tRNAscan-SE/1.3.1(default)
PGDSpider/2.0.8.2(default)               samtools/1.2                             use.own
phylip/3.696(default)                    scalaBLAST/2.0(default)                  VarScan/2.3.7(default)
picard-tools/1.119                       scipio/1.4.1(default)                    vcflib/gitv0_e3ab177
picard-tools/2.1.0                       script_tools/1.0(default)                vcftools/0.1.12a
picard-tools/2.1.1(default)              seqtk/gitv0_1a8319b(default)             vcftools/gitv0_4fce995(default)
prank-msa/gitv0_3e44771(default)         sickle/gitv0_f3d6ae3(default)            vdb/gitv0_f1497a1
Prodigal/gitv0_004218f                   signalp/4.1(default)                     velvet/1.2.10(default)
prokka/1.11                              smalt/0.7.6(default)                     velvet/gitv0_9adf09f
prokka/gitv1_8f07048(default)            snap_alignment/1.0beta.17(default)       VelvetOptimiser/2.2.5(default)
prosite/1.79.1                           snape-pooled/31(default)                 vsearch/gitv0_174f810(default)
protobuf/gitv0_0622030                   snap_hmm/11_29_2013(default)             wise/2.4.1(default)
psmc/gitv0_e5f7df5(default)              snippy/gitv0_848a62e                     zlib/1.2.8
pyrad/gitv0_704ffbf                      snpcallphylo/0.7
python/2.7(default)                      SPAdes/3.9.0(default)
python/2.7.11                            sparsehash/gitv0_4cb9240